COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.331907 18.996559
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.826080
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.679520
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.619031
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.570127
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.381101
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 18.155927

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 17.505405
2021-03-07 17:00:00 15.472860 21.754524 17.249769
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 16.848992
2021-03-05 17:00:00 9.448662 17.275383 16.749057
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 16.218749
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 15.644341
2021-03-02 17:00:00 11.061151 22.661871 15.159248

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 12.962963 14.300961 15.199586
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 14.874173
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.659701
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.443898
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 14.329719
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 14.339584
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 14.313164

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 8.113036 3.869565 8.480820
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.528371
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.504052
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.512917
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.483776
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.406058
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 8.275993

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 25.480471 16.736469 17.086199
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 16.963447
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 16.875574
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 16.936608
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 16.880925
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.838145
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.596754

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 61.473554 40.237085 36.486351
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 36.217396
2021-03-06 17:00:00 43.122081 43.122081 35.869607
2021-03-05 17:00:00 40.218065 32.176930 35.721109
2021-03-04 17:00:00 30.340963 30.340963 35.258708
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 34.592255
2021-03-02 17:00:00 35.533879 35.533879 34.273735

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 19.868968
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 19.689659
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 19.518969
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 19.253578
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 19.133703
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 18.857753
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 18.445909

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.887953 6.991627
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 6.970336
2021-03-06 17:00:00 6.583825 7.932400 6.955313
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 6.999898
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 6.987344
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 6.932250
2021-03-02 17:00:00 5.439311 5.439311 6.808622

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 17.282958 12.906310 13.174333
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.947224
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.916970
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.919878
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 12.989198
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 12.852811
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 12.784026

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 28.340929 55.345486 34.912895
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 34.176626
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 33.703584
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 33.208010
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 32.578803
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 31.970559
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 31.404807

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 20.173410 8.390432 17.663120
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 17.866651
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 17.552732
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 17.579823
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 17.241242
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 17.126158
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 16.731352

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 9.468254
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.860466
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 9.849194
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 10.103863
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 10.134817
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 10.142133
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 9.889637

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 61.538462 156.643357 72.098158
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 70.307674
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 70.344101
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 70.033651
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 70.388017
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 70.869337
2021-03-02 17:00:00 100.425532 100.425532 72.586921

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 34.728033 34.728033 58.713719
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 60.229545
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 60.881753
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 62.725013
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 65.399774
2021-03-03 17:00:00 52.500000 81.136364 67.547162
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 69.268949

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 28.173590 28.173590 21.789282
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.626292
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 21.333865
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.947694
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.705233
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 20.406982
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 19.903256

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 21.146315 21.146315 29.964854
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 29.377915
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 28.841006
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 28.287190
2021-03-04 17:00:00 31.193059 31.193059 27.999194
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 27.483824
2021-03-02 17:00:00 15.975591 21.872322 26.475985

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.541667 4.019047
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 3.997427
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 3.982812
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.969590
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.965797
2021-03-03 17:00:00 4.263402 4.263402 3.926076
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.842558

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.058205
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 11.838712
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.676144
2021-03-05 17:00:00 11.988912 11.988912 11.577810
2021-03-04 17:00:00 12.436154 12.436154 11.475060
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 11.351486
2021-03-02 17:00:00 12.382411 12.382411 11.167368

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 13.015749 7.778167 9.181599
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.190160
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.171975
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.222428
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.151377
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 9.113634
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 9.090825

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 33.600000 30.916245 29.951188
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 29.631438
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 29.408192
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 29.488378
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 29.388141
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.241928
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.864404

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 55.555556 18.518519 11.217124
2021-03-07 17:00:00 2.491103 7.142857 10.403834
2021-03-06 17:00:00 4.776119 12.903226 9.847776
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 9.618000
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 9.038497
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 8.867332
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 8.326890

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-08 17:00:00 32.827407 18.936836 31.022355
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 31.000503
2021-03-06 17:00:00 28.400074 39.639408 31.054543
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 31.168760
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 31.080917
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 30.863579
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 30.912733

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.736887 11.736887 17.505405
Basilicata 12.962963 14.300961 15.199586
Calabria 8.113036 3.869565 8.480820
Campania 25.480471 16.736469 17.086199
Emilia-Romagna 61.473554 40.237085 36.486351
Friuli Venezia Giulia 24.599881 24.599881 19.868968
Lazio 13.821903 5.887953 6.991627
Liguria 17.282958 12.906310 13.174333
Lombardia 28.340929 55.345486 34.912895
Marche 20.173410 8.390432 17.663120
Molise 8.215962 8.215962 9.468254
P.A. Bolzano 61.538462 156.643357 72.098158
P.A. Trento 34.728033 34.728033 58.713719
Piemonte 28.173590 28.173590 21.789282
Puglia 21.146315 21.146315 29.964854
Sardegna 7.142857 3.541667 4.019047
Sicilia 12.055243 12.055243 12.058205
Toscana 13.015749 7.778167 9.181599
Umbria 33.600000 30.916245 29.951188
Valle d'Aosta 55.555556 18.518519 11.217124
Veneto 32.827407 18.936836 31.022355

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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